Dependendo da versão escolhida, o jogador teria como equipe vilânica aquela que deseja capturar o Pokémon lendário da capa do jogo, com o objetivo de expandir a terra ou o mar sobre o domínio de seu oposto.

Esta é a primeira geração a ser lançada no GameBoy Advance, acabando, portanto, apelidada de "advanced generation", e também a primeira a decorrer na região de Hoenn. A adaptação anime dá início à terceira geração na sexta temporada da série, também em 2003, intitulada por Pokémon: Advanced.

Groudon e Kyogre são os dois Pokémon que estamparam as capas desses games, representando, respectivamente, as forças do continente e do oceano. Há muito tempo, ambos entraram em um grande conflito e tiveram que ser acalmados pelo terceiro lendário do trio, Rayquaza, que infelizmente desempenha um papel de coadjuvante neste jogo.

No fim, Pokémon Ruby/Sapphire se tornaram um sucesso de vendas no Game Boy Advance. Ao todo, foram 16,2 milhões de unidades, marcando a dupla como os jogos mais vendidos de toda a história do portátil. Como era de se esperar, o êxito e o histórico da franquia fizeram com que uma terceira versão chegasse na sequência.

Lendários

• Regirock
• Regice
• Registeel
• Latias
• Latios
• Kyogre
• Groudon
• Rayquaza
• Jirachi
• Deoxys

Uma das maiores inovações foi, sem dúvida, as batalhas em equipas de dois contra dois Pokémon, através da Tag Battle (2x2, dois Pokémon do mesmo treinador) e Multi Battle (2x2, dois Treinadores com um Pokémon cada), que consequentemente introduzem a possibilidade de habilidades com efeito de área (um Pokémon pode afetar com uma habilidade dois Pokémon, ex: Earthquake).